乳酸菌在发酵饲料中是应用的比较多的一类细菌，常见的有30多种，包括同型乳酸菌、异型乳酸菌、兼性乳酸菌和双气乳酸菌等几类。其在发酵过程中能够迅速产酸，使发酵底物快速酸化，有效防止梭菌等有害杂菌的污染，抑制发酵底物变质。在发酵饲料中应用的酵母菌主要有20多种，包括酿酒酵母、假丝酵母、毕赤酵母等，在发酵过程中产生天然的酵母香味，增加饲料的适口性。应用的芽孢有将近10多种，主要包括枯草芽孢、地衣芽孢、凝结芽孢、解淀粉芽孢和蜡样芽胞等，畜禽饲料批发价，芽孢在发酵过程中能够产生大量的抗生肽，有效抑制一些病原菌的生长繁殖。
对于发酵过程中使用的益生菌也没有统一的行业标准，但是常见的主要是酵母、芽孢、乳酸这三种。 这些种类微生物主要具有以下功能：能够分泌大量的蛋白酶、纤维素酶、半纤维素酶等酶类，能够快速分解底物，牡丹区畜禽饲料，促进营养物质的消化吸收；产生核苷酸、维生素等物质，增加饲料的营养成分和价值；能够增强动物的力，提高动物抵抗病原菌等的侵染能力。
随着人类生活水平的提高，人们对于蛋白食物的需求量逐渐攀升，从而刺激了养殖业的发展。据统计，畜禽饲料选购，我国的蛋白饲料产量供不应求，主要靠进口解决，预计到2030年，我国蛋白饲料的缺口将要达到2790万吨。而发酵饲料作为一种新型环保饲料，已经成为当今热点研究方向。预期在未来的 3-5 年，发酵饲料的生产规模有望达到 1000万-2000万t/年，畜禽饲料销售，按照每吨发酵饲料添加1 -2kg 酶制剂，添加 100g 发酵菌剂进行计算，未来几年发酵饲料中酶制剂的添加量将达到 2万-4万t，微生态制剂的添加量将达到 2000-4000t，发酵饲料中酶制剂的添加量将占国内整个饲用酶制剂市场的 20%-40%。
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